התקפי מיגרנה יכולים להופיע ללא שום גורם מעורר, אך מטופלות ומטופלים רבים שמים לב לגורמים מעוררים (טריגרים), המעלים את הסיכוי להופעת התקף. אצל נשים רבות הסובלות ממיגרנה (כ 60% מהן), התקופה הפגיעה ביותר להופעת התקפים היא סביב המחזור החודשי, במהלך חמשת הימים המתחילים יומיים לפני הופעת הוסת, ובשלושת הימים הראשונים שלו. אצל חלקן אלה ההתקפים היחידים, ואינן סובלות כלל מהתקפים נוספים , ואצל אחרות קיימים התקפים גם בחלקים אחרים של החודש.
גם כאשר קיימים התקפים בחלקים אחרים של החודש, ההתקפים הויסתיים נוטים להיות ממושכים יותר, קשים יותר (מבחינת עוצמת הכאב ועוצמת הסימנים הנלוים), והם מגיבים פחות טוב לטיפול.
הסיבה להתקפים הוויסתיים היא השינויים ההורמונלים המקדימים את המחזור. לקראת הופעת הווסת קיימת ירידה ברמות האסטרוגן והפרוגסטרון. מתן פרוגסטרון בשלב זה אינו מונע את התקף המיגרנה, אך מתן אסטרוגן מונע אותו ברוב המקרים. מחקרים נוספים הראו כי רמת האסטרוגן אינה הגורם להתקף (בתקופת המנופאוזה, בה רמת האסטרוגן נמוכה מאוד, מיגרנה נוטה להשתפר דווקא), אלא הירידה הדרסטית ברמת ההורמון לאחר תקופה של חשיפה.
הטיפול בהתקפי מיגרנה ויסתיים דומה לטיפול בהתקפי מיגרנה אחרים. משככי כאבים לא ספציפיים ותרופות ספציפיות לטיפול בהתקפי מיגרנה יעילים כולם בהתקף של מיגרנה ויסתית כמו בהתקפים אחרים (למרות שנשים רבות מדווחות על יעילות נמוכה יותר מאשר בהתקפים אחרים).
אצל נשים הסובלות מהתקפים רק סביב המחזור, ניתן לשקול טיפול מונע ממוקד בתקופה זו. טיפול כזה יכול להיות טיפול הורמונלי (למשל אסטרוגן במינון נמוך), או טיפול המשמש לטיפול מונע או אקוטי במיגרנה רק בתקופה שסביב המחזור.
שיתוף פעולה בין הגניקולוגית המטפלת והנוירולוג המומחה לכאב ראש יכול לסייע במיקוד הטיפול ובהתאמתו למטופלת.
אם גם את סובלת מהתקפי מיגרנה קשים סביב המחזור – כדאי לבחון אפשרויות טיפוליות ממוקדות.
